由指挥官展瀚韬领导的飞虎队行动组ATeam，经过一年的合作和锻炼，各队员渐渐成熟，合作更具默契，而面对的新挑战也接踵而来。随着旧拍档相继离队，俞学礼等ATeam成员摇身一变成大师兄，以身作则带领一批新队员。大家都认定瀚韬是总督察的最佳人选，但最后总督察却由潘子龙担任，众队员大表诧异之余，更要重新适应子龙的新作风。 瀚韬的最佳拍档、飞虎队狙击手庄卓源与女友丁慧慧彼此认定为终身伴侣，慧慧为支持卓源、深入了解卓源的工作，竟辞去空姐一职。卓源感情生活稳定，但工作上却遇到瓶颈。另一边，一心想成为女飞虎的苏文强，经过多重辛苦训练，终如愿所长。文强与学礼日久生情，二人正要确认彼此关系时，又出现了感情的牵绊。 飞虎队每次行动部署精密，但在一次行动中，一名飞虎队员却被指违反守则。其他队员团结一致保护犯错队友，惟瀚韬公正不阿。向来团结的ATeam面临四分五裂，瀚韬将如何五裂，瀚韬将如何化解危机？
A Team主管
展瀚韬(马德钟饰)率领飞虎新学员与旧有队员进行户外特训，队员
俞学礼(罗仲谦饰)示范从一架驾驶中车顶凭感觉及队员间的信任，成功跳跃至另一架由同袍
庄卓源(梁烈唯饰)高速行驶的车顶上，学礼女友兼学员蘇文强看在眼内感到满意，但文强却在跳跃时扭伤，同时高智能罪犯亦在潜水训练……文强忍痛回到宿舍，学礼懒理其他学员的目光前往探视，并送上跌打药酒，使文强甜在心头，此时瀚韬与卓源到来，召集大家冒雨到操场进行训练。众学员表现不佳，还直言难以完成训练，瀚韬遂全副武装做一次，令众人心服口服。内外夹攻引发枪战瀚韬休班时，与卓源等人讨论新学员的情况，此时接到出动通知，得悉天命与三名持枪手下於高等法院胁持大批市民。瀚韬等人到场指挥民众疏散，卓源指法庭犹如密室无法狙击锁定目标，众人陷入苦思之际，天命竟只身走出来，并要求面对面与瀚韬对话。飞虎碍於天命的手下正胁持法庭内的人质，而未能将他缉捕；天命要求警方准备资源逃走，且要与女警锺韦恩见面，瀚韬答应安排後，竟发现韦恩早年曾担任卧底工作，完成任务後已告失踪，瀚韬只好拖延，并派卓源等人另作部署，却遭天命发现有人潜入，并向冷气槽方向的卓源等人开枪，继而向瀚韬提醒限时正在倒数……学礼等人从其他出口攻入法庭，爆发枪战，队员
谢家星(袁伟豪饰)误中天命的陷阱受伤；瀚韬的旧部下
张继光(翟威廉饰)被调离飞虎後加入CIB，刚好到该法庭作证，他欲乘乱助人质逃离现场……失踪韦恩冒险现身众学员因未能参与法院的拯救人质行动，文强往探望好友
丁慧慧(苟芸慧饰)时，二人从新闻看到飞虎队的消息，慧慧对男友卓源充满信心。瀚韬无法联络失踪的韦恩，但其前上司
潘子龙(洪天明饰)看过报道後到达现场监听车，把韦恩与天命之间的恩怨相告。一名行藏神秘的女子突然走到法院外，令警方立刻提高戒备，子龙於监听车上认出韦恩，她表示甘愿进法庭与天命交换人质。天命见到韦恩到来，二话不说割其手腕，韦恩顿时流血不止；法庭内的监视镜头被天命开枪击毁，使瀚韬等人无从入手。被禁锢的韦恩设法与瀚韬联络，报告法庭内的情况，天命却突然进来……任务完成，瀚韬向继光了解场内的情况，子龙亦到医院探望韦恩，并打算了解她失踪後发生的一切，但韦恩却表现冷淡。瀚韬与飞虎队员前往探望家星後，在医院重遇韦恩，对她的神秘失踪感到好奇。韦恩出院後重返法院现场搜集证据，却与瀚韬於法院外再次重遇，并一起发现天命与手下妙计逃走的端倪。韦恩与瀚韬调查至一个货柜场，二人却分别遭天命与手下突袭……
